其实动物性乳酸菌跟植物性乳酸菌最大的差异是在製作过程，以动物性乳酸菌来说，各类乳製品通常是在人工监控着温度、卫生等各式各样的管理下产生出来的，由于製作环境比较优渥，因此难以对抗其他细菌以及胃酸或胆汁的消化。
而植物性乳酸菌的生产环境，除了温度偏低之外，盐分以及酸性物质的含量也都比较高。乳酸菌必须与各式各样的细菌和酵母竞争才能存活下来，这使得植物性乳酸菌除了活性较强，也更能在人体内抵挡外敌而顺利进入肠道发挥作用。
但是在进入肠道之前死亡也并不代表动物性乳酸菌就没有作用，因为乳酸菌在死后除了能成为其他益菌的养分，也能刺激小肠的免疫组织从而产生免疫力。换言之，只要乳酸菌进到身体里就对身体有帮助。
因此小泉教授建议，每个人的肠道环境都有所不同，能够存活下来并有效发挥的菌种也因人而异，不论是动物性乳酸菌或植物性乳酸菌，两者都摄取，就能进一步增强它们的整肠效果。
