酱油
开门七件事之一的酱油，利用黄豆发酵、经过一年以上熟成，是自古传承下来最具历史的益生菌食物。不过现今市面上贩售的酱油，并不全都是这种经过「酿造」方式生产的酱油。食品药物管理组已经公布管理办法，规定如果是以酸或酵素快速水解，未经发酵过程应标示为「水解」，有发酵过程应标示为「速成」，将于2019年正式实行。
味噌
味噌同样是用黄豆製成的，不仅蛋白质含量丰富，还能抑制胆固醇、清洁血管、延缓老化、补充女性荷尔蒙，同时预防虚冷和贫血。不过煮味噌汤时，千万不可以在沸腾时放入味噌，因高温会破坏味噌的乳酸菌与酵母，应该先等煮滚后熄火，等汤冷却后（约50度，微温）加入味噌拌匀，再开火煮一会即可（不可久煮到滚）。
泡菜
在这里推荐给大家的常见益生菌好食中，泡菜应该是最受欢迎也最容易取得的食物。不过，泡菜并不完全都是用「发酵」的方式製成。最简单的分辨方式为，如果只是用盐、糖、醋等调味料处理、往往隔天就能吃的，就是单纯腌渍泡菜，不具备可以发酵的益菌；製作时盐分太高、含油质成分的泡菜因不利乳酸菌生长，也不算是发酵食物。
优酪乳
牛奶发酵製成的优酪乳，本身含有许多有益肠道的乳酸菌，不过优酪乳其实要注意产品本身添加的糖量不宜过多（国民健康组建议每日摄取的「添加糖」不超过45克）外，东京医科牙科大学教授藤田紘一郎指出，肠道能留住哪些吃下去的益生菌，每个人状况都不相同，因此建议同一种优酪乳连续吃两星期，观察自己排便或皮肤状态便可知道是否适合自己。
